La procedencia del microorganismo patógeno puede ser de dos tipos: microorganismos endógenos presentes en el interior del alimento, y microorganismos exógenos depositados en la superficie del alimento. Lospprimeros suelen estar asociados a alimentos animales ya que los patógenos de animales pueden serlo de humanos, mientras que los patógenos vegetales no pueden serlo ebido a las diferencias entre ambos tipos de microorganismos.

Por último, debido a la importancia en salud pública de las toxiinfecciones alimentarias, la labor del microbioólogo de alimentos se dirige, en muchos casos, al control destinado a evitar el consumo de productos elaborados en condiciones deficientes y que, por tanto, sean potencialmente peligrosos. Para ello, ha tenerse en cuenta, a la hora de realizar un análisis microbiológico de alimentos:

a) Las fuentes de contaminación del alimento.

b) Las rutas de infección del patógeno.

c) La resistencia de los patógenos a condiciones adversas.

d) Las necesidades de crecimiento de los patógenos.

e) Minimizar la contaminación y el crecimiento de los microorganismos.

f) Técnicas de detección y aislamiento.

g) Metodo de muestreo proporcional al riesgo.

Todo lo anterior obliga a la regulación legal de las características microbiológicas de cada alimento, lo que comprende la definición de cada alimento o producto alimentario y las regulaciones sobre la tolerancia del número de microorganismos permisibles. (los llamados valores de referencia).